La faune aquatique du parc comprend 13 espèces de phytoplancton, 3 espèces de gastéropodes (Planorbis planorbis, Georissa petiti et Potamopyrgus sp.), 2 espèces de crustacés (Grandidierella megnae et Apseudes thaumastocheles) et quelques formes larvaires et insectes tels que les diptères, les coléoptères, les éphéméroptères, les hémiptères, les odonates et les zygoptères (je n’ai jamais su autant de choses sur les insectes :). Tous sont responsables de la conservation de l’avifaune de la région. 
Il y a aussi deux protagonistes qui, bien qu’ils ne puissent pas nous voir, seront ravis d’être observés en train de nager librement dans les grottes du parc, deux espèces de « poissons aveugles », le Typhleotris madagascariensis et le Typhleeotris mararybe, endémiques des eaux souterraines du parc national.
Vous nous interrogez souvent sur la couleur du lac, mais nous pouvons vous dire qu’elle peut changer plusieurs fois par jour, allant du blanc absolu en raison de sa forte concentration en sulfate de chaux et en argile blanche, au vert topaze en passant par un bleu turquoise spectaculaire. C’est précisément en raison de cette caractéristique qu’aucun poisson ne survit dans le lac.